GWAS phân tích đa dạng hàm lượng khoáng chất trong hạt đậu cô ve
GWAS phân tích đa dạng hàm lượng khoáng chất trong hạt đậu cô ve
Nguồn: Jessica Delfini, Vânia Moda-Cirino, José dos Santos Neto, Douglas Mariani Zeffa, Alison Fernando Nogueira, Luriam Aparecida Brandão Ribeiro, Paulo Maurício Ruas, Paul Gepts & Leandro Simões Azeredo Gonçalves. 2021. Genome-wide association study for grain mineral content in a Brazilian common bean diversity panel. Theoretical and Applied Genetics September 2021; vol. 134: 2795–2811
QTNs liên quan đến hàm lượng của chín khoáng chất có trong hạt đậu cô ve được người ta phân lập trong thí nghiệm này. Sự tập hợp của những alen cần thiết gắn liền với sự gia tăng dần lên khoáng chất trong hạt đậu. Biofortification (chữa bệnh bằng thực phẩm) là chiến lược khắc phục vấn đề khiếm dưỡng ở những nước đang phát triển, mục đích là nhắm tới cải tiến hàm lượng dinh dưỡng trong hạt cây trồng. Đậu cô ve (Phaseolus vulgaris L.), một thực phẩm chính của nhiều nước Á châu, Phi châu, Mỹ La tinh, là vật liệu cung cấp dinh dưỡng tuyệt vời. Nó được xem là ứng cử viên nặng ký cho chiến lược biofortification. Mục tiêu nghiên cứu nhằmxác định những vùng đích trong hệ gen liên quan đến hàm lượng dinh dưỡng của hạt đậu cô ve. Người ta sử dụng 178 mẫu giống thuộc tập đoàn giống đậu cô ve Mesoamerican thuộc BDP (Brazilian Diversity Panel) và 25.011 chỉ thị phân tử SNPs chất lượng cao. Tập đoàn giống cô ve BDP được đánh giá kiểu hình tại 3 môi trường khác nhau đối với 9 khoáng chất (phosphorus, potassium, calcium, magnesium, copper, manganese, sulfur, zinc, và sắt), áp dụng bốn phương pháp genome-wide association multi-locus. Để có kết quả chính xác khoa học, chỉ có những QTNs (quantitative trait nucleotides) biểu hiện bản chất lập lại (repeatability) mới được xem xét (có nghĩa là có ít nhất 2 lần tìm thấy với những phương pháp khác nhau tại những địa điểm khác nhau). Bốn mươi tám QTNs được tìm thấy liên quan đến 9 khoáng chất, biểu hiện khả năng lập lại và được xem là đáng tin cậy. Những QTNs có tính chất đa tính trạng (pleiotropic QTNs) và những vùng trên hệ gen chồng lấp nhau xung quan QTNs này được phân lập, chứng minh khả năng kết hợpgiữa những cơ chế có thuật ngữ “deposition mechanisms” của những dưỡng chất trong hạt cô ve. Sự tích tụ các alen trong cùng mẫu giống được xem xém: càng tích tụ nhiều alen, càng gia tăng dần dần hàm lượng dinh dưỡng trong hạt. Tập đoàn giống đậu cô ve BDP là nguồn vật liệu bố mẹ cực kỳ quan trọng qua kết quả phân tích này (GWAS). Sự tìm kiếm những phương pháp phân tích và ngoại cảnh khác nhau chỉ ra được mức độ tin cậy của những chỉ thị phân tử liên kết với tình trạng khoáng chất. Các loci này được phân lập sẽ đóng góp đáng kể cho mục tiêu cải tiến giống đậu cô ve Mesoamerican, đặc biệt là carioca và black beans, nhóm giống chủ lực được tiêu dùng tại Brazil.
Xem: https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-021-03859-2
Comments
Post a Comment