Phương pháp chọn giống đậu nành thông qua “ZDX1 array”

 Phương pháp chọn giống đậu nành thông qua “ZDX1 array”

Nguồn: Rujian Sun, Bincheng Sun, Yu Tian, Shanshan Su, Yong Zhang, Wanhai Zhang, Jingshun Wang, Ping Yu, Bingfu Guo, Huihui Li, Yanfei Li, Huawei Gao, Yongzhe Gu, Lili Yu, Yansong Ma, Erhu Su, Qiang Li, Xingguo Hu, Qi Zhang, Rongqi Guo, Shen Chai, Lei Feng, Jun Wang, Huilong Hong, Jiangyuan Xu, Xindong Yao, Jing Wen, Jiqiang Liu, Yinghui Li & Lijuan Qiu. 2022.  Dissection of the practical soybean breeding pipeline by developing ZDX1, a high-throughput functional array. Theoretical and Applied Genetics April 2022; vol. 135 : 1413–1427

 

Người ta phát triển một phương pháp có hiệu quả cao ZDX1 “functional soybean array” để có đánh giá và tuyển chọn chính xác cả bố mẹ và con lai phục vụ cải tiến giống đậu nành.

 

Công nghệ microarray giúp người ta thực hiện đánh giá kiểu gen nhanh, chính xác và kinh tế. Ở đây, người ta sử dụng phương pháp sử dụng cơ sở dữ liệu resequencing từ 2214 mẫu giống đậu nành đặc trưng, người ta phát triển bộ chỉ thị “high-throughput functional array ZDX1”, bao gồm 158.959 chỉ thị phân tử SNPs, phủ trên 90,92% các gen đậu nành và các vị trí chủ đích liên quan đến những tính trạng quan trọng. Thông qua áp dụng chạy array, người ta tiến hành đánh giá kiểu gen của 817 mẫu giống đậu nành, bao gồm ba quần thể phụ của những dòng bố mẹ đạt tiêu chuẩn, các dòng bố mẹ thông thường và các dòng con lai từ cặp lai thực tế. Những chỉ thị phân tử fixed SNPs được phân lập trong con lai, cho thấy việc tuyển chọn nhân tạo trong suốt tiến trình chọn giống. Thông qua các vị trí có chức năng được phân lập của những tính trạng mục tiêu, người ta chọn được dòng con lai đậu nành mới, có khả năng kháng tuyến trùng “soybean cyst nematode” như vật liệu nền có thời gain sinh trưởng mong muốn, nhờ kết quả kết hợp các alen (allele combinations), điều ấy chúng minh rằng những vị trí có chức năng cung cấp cho người ta phương pháp hiệu quả để sàng lọc nhanh chóng các tính trạng mong muốn hoặc nguồn gen mong muốn. Người ta xác định được chỉ số chọn giống “breeding index” (BI) như một chỉ dẫn tốt (good indicator) cho sàng lọc quần thể con lai. Con lai ưu việt (superior progeny) được phát triển từ tổ hợp có bố mẹ khác biệt biệt nhau rất xa, với ít nhất một bố hoặc mẹ chó chỉ số BI cao hơn. Hơn nữa, những tổ hợp mới trên cơ sở hoàn thiện tốt được đề nghị làm vật liệu chọn giống về lâu dài. Phân tích GLUP (genomic best linear unbiased prediction) là phương pháp phân tích tốt nhất, có kết quả chính xác cao nhất trong dự đoán bốn tính trạng khi so sánh bằng chỉ thị SNPs trong vùng mục tiêu chứa gen hơn là xem xét toàn bộ genome hoặc chỉ thị SNPs có tính chất intergenic. Mức độ chính xác của dự đoán được cải tiến đến 32,1% thông qua sử dụng con lai để phát triển rộng hơn quần thể “training”. Nhìn chung, kỹ thuật versatile assay minh chứng được ZDX1 array theo chức năng là thông tin rất hiệu quả đối với thiết kế và tối ưu hóa một hệ thống cải tiến giống đậu nành.

 

Xem: https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-022-04043-w