Phân lập những haplotypes ưu việt và hiếm để tối ưu hóa số nhánh thân trên cây đậu nành

 Phân lập những haplotypes ưu việt và hiếm để tối ưu hóa số nhánh thân trên cây đậu nành

Nguồn: Hui Yu, Javaid Akhter Bha, Candong Li, Beifang Zhao, Moran Bu, Zhirui Zhang, Tai Guo, Xianzhong Feng. 2024. Identifcation of superior and rare haplotypes to optimize branch number in soybean. Theoretical and Applied Genetics; April 2024; vol.137; article 93

 

Sử dụng phương pháp tích hợp trong nghiên cứu này, người ta xác định được 11 chỉ thị phân tử SNPs có ý nghĩa,7 QTLs ổn định và 20 gen ứng cử viên gắn liền với kiểu hình “số nhánh trên thân cây đậu nành.

 

Tính trạng “branch number” là tính trạng di truyền số lượng – một những chìa khóa dẫn đến năng suất, trực tiếp ảnh hưởng số trái/cây và số hạt/cây đậu nành. Theo nghiên cứu này, người ta tiến hành phương pháp tiếp cận có tính chất tích hợp giữa GWAS và haplotype, với kết quả phân tích gen ứng cử viên để xác định cơ sở di truyền chi tiết của tính trạng “branch number” qua tập đoàn giống đậu nành rất đa dạng di truyền. Kết quả GWAS cho thấy có tất cả 11 chỉ thị phân tử SNPs kết hợp có ý nghĩa với tính trạng số nhành thân qua nhiều địa điểm trồng khác nhau với 5 mô phỏng của GWAS. Dựa trên tính chất nhất quán của phát hiện SNP trong mô phỏng “multiple GWAS” với môi trường, có 7 vùng trên genome với khoảng cách vật lý là ± 202.4 kb được mô tả là những QTLs ổn định. Trong các QTLs này, có 6 QTLs là mới tìm thấy, đó là qBN7, qBN13, qBN16, qBN18, qBN19 và qBN20, trong khi đó, một QTL còn lại, qBN12, đã được ghi nhận trước đây rồi. Hơn nữa, có 11 “haplotype blocks”, đó là Hap4, Hap7, Hap12, Hap13A, Hap13B, Hap16, Hap17, Hap18, Hap19A, Hap19B và Hap20, được người ta xác định nằm trên 9 nhiễm sắc thể khác nhau. Số “haplotype allele” trong những “haplotype blocks” được phân lập biến thiên từ hai đến năm alen, kiểu hình số nhánh trên thân đậu nành khác nhau được điều tiết bởi những alen như vậy biến thiên từ con số thấp nhất đến cao nhất thông qua giá trị số nhánh thân trung bình. Như vật, còn có 20 gen được xác định, chúng định vị trên vùng có độ lớn phân tử là ± 202.4 kb theo chỉ thị SNPs có ý nghĩa thống kê như những ứng cử viên giả định; có 6 trong số gen ấy biểu thị có ý nghĩa thống kê về tính chất “differential expression patterns” (khác biệt biểu hiện gen từng phần) trong tập đoàn giống đậu nành thí nghiệm với những số nhánh thân tương nghịch nhau, điều này có thể là những ứng cử viên đầy tiềm năng  điều khiển tính trạng số nhánh / thân đậu nành.

 

Xem https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-024-04596-y