Omics trong hệ gen cây đậu phụng: Một nền tảng toàn diện về “atlas” tích hợp tất cả chuyên ngành OMICS trong nghiên cứu cây đậu phụng

 Omics trong hệ gen cây đậu phụng: Một nền tảng toàn diện về “atlas” tích hợp tất cả chuyên ngành OMICS trong nghiên cứu cây đậu phụng

Nguồn: Hongzhang Xue, Kunkun Zhao, Xiaorui Dong, Qian Ma, Sa Sa Hu, Zenghui Cao, Yang Shu, Yanzhe Li, Xiaoxiang Huang, Kai Zhao, Ding Qiu, Wenguang Shao, Rui Ren, Zhongfeng Li, Fangping Gong, Xingli Ma, Chaochun Wei, Dongmei Yin. 2026. PeanutOmics: A comprehensive platform with an integrative multi-omics atlas for peanut research. Plant Commun.; 2026 Jan 12; 7(1):101622. doi: 10.1016/j.xplc.2025.101622.

 Đậu phụng (Arachis hypogaea) là cây trồng họ Đậu có giá trị kinh tế quan trọng, nhưng người ta chưa biết đầy đủ về động thái biểu hiện của gen đích tại nhiều giai đoạn phát triển khác nhau.

Để khắc phục khiếm khuyết này, người ta đã xây dựng ATLAS tích hợp các kết quả nghiên cứu của chuyên ngành OMICS thông qua phổ biểu hiện transcriptomic, proteomic, và metabolomic tại 22 mô tế bào tăng trưởng thực vật và sinh trưởng phát dục. Người ta đã xác định được 53.030 DEGs (differential expressed genes) ở mức độ phân tử transcript, 12.826 có minh chứng sản phẩm protein, và 2.035 chất biến dưỡng (metabolites).

Trong số ấy, có 2147 gen mã hóa những protein mới, 274 gen tạo ra microproteins. Phân tích chức năng gen xác định được WDR13, TANGO, RPP13, DEF3, SLR1-BP, và SLE2 là những gen chủ chốt có trong sinh lý phát triển và phản ứng với stress. Kết quả phân tích đồng biểu hiện (co-expression analysis) đã tập họp thành nhóm gen với 24 modules, nhiều nhóm biểu hiện ở mô rất chuyên biệt. Vô số lộ trình biến dưỡng và kết quả phân tích tương quan hệ thống đã nhấn mạnh được vai trò cực trọng của họ gen IAA và ARF trong sự truyền tín hiệu hormone và sự tăng trưởng của tế bào, đặc biệt là sự phát triển mấu chốt (peg development). Truy cập dữ liệu nhờ phần mềm PeanutOmics (https://cgm.sjtu.edu.cn/PeanutOmics), trang web thân thiện này tích hợp cơ sở dữ liệu có tính chất multi-omics datasets. Atlas này cung cấp nguồn có giá trị để hiểu được gen và điều tiết chất biến dưỡng của đậu phụng, đặt nền tảng cho cải tiến giống phân tử.

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41277040/

Hình: Bản đồ proteomic và transcriptomic của 22 mô tế bào đậu phụng.